Oprindelsen af Bento kan spores tilbage til slutningen af Kamakura periode (fra 1185 til 1333), da de kogte og tørrede ris, kaldet hoshi-II, blev udviklet. Hoshi-II kan spises råt eller koges i vand og gemmes i en lille pose. I Azuchi-Momoyama perioden (fra 1568 til 1600), blev Bento beholdere fremstillet af lakerede trækasser som kendt i dag og Bento ville blive spist i, ved en Hanami eller et teselskab.
I Edo-perioden (1603 til 1867), spredte Bento kulturen sig og blev mere raffineret. Rejsende og turister medbragte en simpel koshibentō, der består af flere onigiri omviklet med bambus blade eller i en vævet bambus boks. En af de mest populære stilarter Bento, kaldet makuno-uchi Bento, blev først fremstillet i denne periode. Mennesker, der kom for at se Noh og Kabuki spiste specielt tilberedte Bento mellem maku. Mange offentliggjorte kogebøger beskriver hvordan man laver, hvordan man skal pakke, og hvad man skal forberede sig til, ved lejligheder som Hanami og Hinamatsuri.
I Meiji-perioden (1868 til 1912), blev den første ekibentō eller ekiben solgt. Der er flere fortegnelser, som hævder, hvor ekiben blev solgt først, men det menes, at det var den 16. juli 1885, på Utsunomiya togstationen, og indeholdt to onigiri og en servering af takuan indpakket i bambus blade. Da de første skoler ikke tilbød frokost, medbragte studerende og lærere deres Bento, ligesom mange ansatte. En “europæisk” stil af Bento som sandwich også blev sat til salg i løbet af denne periode.
I Taishō perioden (fra 1912 til 1926), blev aluminium Bento boksen en luksus på grund af sin nemmere rengøring og dets sølv-lignende udseende. Det træk at afskaffe Bento i skolen blev et socialt problem. Efter et eksport boom under Første Verdenskrig, blev forskellene i velstand øget i løbet af denne periode, efter den mislykkedes høst i Tohoku regionen. En Bento blev alt for ofte symbol på en elevs rigdom, og mange spekulerede på, om dette havde en ugunstig indflydelse på børn, både fysisk, af mangel på tilstrækkelig kost, og psykisk, fra en dårligt lavet Bento eller på mængden af fødevarer. Efter Anden Verdenskrig, blev praksis efterhånden ændret til ikke at medbringe Bento til skole og blev erstattet af ensartede mad til alle elever og lærere.
Bento genvandt sin popularitet i 1980′erne, med hjælp fra mikrobølgeovne og spredningen af nærbutikker. Desuden er de dyre træ og metal kasser blevet erstattet i de fleste Bento butikker med billige, engangskasser. Samtidigt har håndlavede Bento beholdere lavet et comeback, og de er igen et fælles, men ikke universelt, syn på japanske skoler. Bento bruges stadig af medarbejderne som en madpakke, af familier på dagsture, af skolen til skovture og idrætsdage m.v. Bento lavet i hjemmet, er indpakket i en furoshiki klud, der fungerer som både pose og bordskåner.
Bento er også populært i Taiwan. Bendong eller Biendang gjorde indtog i Taiwan i første halvdel af det 20. århundrede fra Japan, hvor det stadig er meget populært i dag. Udtrykket er et lånt ord fra det japanske ord i den taiwanske Hokkien og taiwanske Mandarin.
Lufthavne tilbyder også en tilsvarende version af ekiben: Bento fyldt med ting fra det lokale køkken, der skal spises mens de venter på et fly eller under selve flyvningen.
Lær om japansk mad her og læs om de forskellige bento typer her.